本教程详细介绍了在RDKit中准确可视化分子拓扑极性表面积（TPSA）的方法。针对Gasteiger电荷可能导致的误判，文章提供了两种更精确的解决方案：一是利用_CalcTPSAContribs直接识别并高亮对TPSA有贡献的原子，二是采用SimilarityMaps生成加权热力图，以更直观地展现TPSA分布。教程包含详细代码示例及关键参数说明，旨在帮助用户高效、专业地进行分子结构极性分析。
在药物化学和生物活性研究中，分子的拓扑极性表面积（TPSA）是一个关键的物理化学描述符，常用于预测药物的药物渗透性、吸收性和生物利用度。RDKit作为一个强大的化学信息学工具包，提供了多种方式来处理和可视化分子结构。然而，直接通过Gasteiger电荷来判断和高亮极性区域可能会导致误判，例如将芳香环上的原子也标记为极性。为了更精确地可视化TPSA，我们需要利用RDKit中专门用于TPSA计算的功能。
理解极性表面积可视化挑战
最初尝试通过Gasteiger电荷来识别极性原子，通常会根据原子的部分电荷值来判断。例如，将带有负Gasteiger电荷的原子标记为极性。
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem, Draw
def highlight_psa_atoms_gasteiger(mol):
"""
基于Gasteiger电荷高亮潜在极性原子。
注意：此方法可能导致芳香环等非极性区域被误判。
"""
AllChem.ComputeGasteigerCharges(mol)
# 假设负电荷原子为极性
psa_atoms = [atom.GetIdx() for atom in mol.GetAtoms() if atom.GetDoubleProp("_GasteigerCharge") < 0]
# 定义高亮颜色，例如红色
highlight_style = {atom_id: (1, 0, 0) for atom_id in psa_atoms}
return highlight_style
# 示例分子：阿司匹林
smiles = "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(O)=O"
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
# 应用Gasteiger电荷高亮
highlight_style = highlight_psa_atoms_gasteiger(mol)
# 绘制分子图像
img = Draw.MolToImage(mol, size=(300, 300), highlightAtoms=highlight_style, wedgeBonds=True, kekulize=True)
# img # 在Jupyter环境中取消注释可直接显示图像这种方法的问题在于，Gasteiger电荷模型是基于原子环境的近似计算，有时会将芳香环上的某些原子计算出微弱的负电荷，从而导致它们被错误地标记为极性。这与TPSA的定义（通常只考虑氧、氮、硫、磷等杂原子及其相连氢原子的表面积）不符。为了更精确地可视化TPSA，我们需要利用RDKit中专门用于TPSA计算的功能。
方法一：基于TPSA贡献的原子高亮
RDKit提供了rdMolDescriptors._CalcTPSAContribs函数，可以直接计算分子中每个原子对总TPSA的贡献值。这个函数是计算TPSA的基础，它能够准确识别哪些原子（主要是氮和氧，可选硫和磷）参与了极性表面积的形成。
步骤详解
- 加载分子： 从SMILES字符串创建RDKit分子对象。
-
计算TPSA贡献： 使用rdMolDescriptors._CalcTPSAContribs函数。该函数返回一个列表，其中每个元素对应一个原子对TPSA的贡献值。
- includeSandP=True：一个可选参数，用于决定是否将硫（S）和磷（P）原子也纳入TPSA的计算和贡献中。默认情况下，RDKit的TPSA计算不包括S和P，但可以通过此参数开启。
- 识别高亮原子： 遍历贡献值列表，将贡献值大于0的原子索引收集起来。这些原子就是对TPSA有实际贡献的原子。
- 绘制分子并高亮： 使用rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo（或其他绘图器）绘制分子，并将识别出的原子作为高亮原子传入。
示例代码
from rdkit import Chem from rdkit.Chem import Draw from rdkit.Chem.Draw import rdMolDraw2D from rdkit.Chem import rdMolDescriptors from IPython.display import Image # 适用于Jupyter环境显示图片 # 加载分子：阿司匹林 smiles = "CC(=O)OC1=CC=CC=C1C(O)=O" mol = Chem.MolFromSmiles(smiles) # 计算每个原子对TPSA的贡献 # includeSandP=True 可根据需要开启或关闭对硫和磷的考虑 tpsa_contribs = rdMolDescriptors._CalcTPSAContribs(mol, includeSandP=True) # 找出对TPSA有贡献的原子索引（贡献值大于0） highlight_atoms = [i for i, contrib in enumerate(tpsa_contribs) if contrib > 0] # 创建一个绘图对象，这里使用Cairo后端生成PNG drawer = rdMolDraw2D.MolDraw2DCairo(300, 300) # 绘制分子，并高亮指定的原子 # 默认高亮颜色为红色，可通过highlightAtomColors参数自定义 drawer.DrawMolecule(mol, highlightAtoms=highlight_atoms) drawer.FinishDrawing() # 获取PNG数据并显示（在Jupyter中） png_data = drawer.GetDrawingText() Image(png_data)
通过这种方法，只有实际对TPSA有贡献的杂原子（如氧原子）会被高亮显示，而芳香环上的碳原子则不会被误判，从而提供了更准确的极性区域可视化。
方法二：使用相似性图谱进行加权可视化
除了简单的原子高亮，RDKit的SimilarityMaps模块提供了一种更高级的加权可视化方式，可以将每个原子的贡献值映射到颜色强度上，形成类似热力图的效果。这使得TPSA的分布和强度可以被更直观地展现出来。
步骤详解
- 加载分子： 同前，从SMILES字符串创建RDKit分子对象。
- 计算TPSA贡献： 同前，使用rdMolDescriptors._CalcTPSAContribs获取每个原子的TPSA贡献值作为权重。
-
生成相似性图谱： 使用SimilarityMaps.GetSimilarityMapFromWeights函数。
- mol：RDKit分子对象。
- size：图像尺寸。
- weights：每个原子对应的权重列表（即TPSA贡献值）。
- colorMap：Matplotlib的颜色映射名称，用于定义权重如何映射到颜色。例如，'bwr'（蓝白红）是一个常用的发散型颜色图，可以很好地表示正负或不同强度的贡献。其他颜色图参考Matplotlib官方文档。
- contourLines：用于在分子周围绘制等高线的数量，可以增强视觉效果。
- 保存或显示图像： 生成的图谱是一个Matplotlib的Figure对象，可以保存为文件或直接在Jupyter Notebook中显示。
示例代码
import numpy as np
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem, rdMolDescriptors
from rdkit.Chem.Draw import SimilarityMaps
from matplotlib import pyplot as plt # 用于显示Matplotlib图
# 加载分子：一个含有硫原子的分子
smiles = "CCNC(=O)NC1=NC2=CC=C(C=C2S1)C(=O)NCCS"
mol = Chem.MolFromSmiles(smiles)
# 计算每个原子对TPSA的贡献作为权重
# 确保 includeSandP=True 以考虑硫原子的贡献
tpsa_weights = rdMolDescriptors._CalcTPSAContribs(mol, includeSandP=True)
# 生成相似性图谱
fig = SimilarityMaps.GetSimilarityMapFromWeights(
mol,
size=(400, 400),
weights=tpsa_weights,
colorMap='bwr', # 使用蓝白红颜色图，高贡献区域偏红，低贡献区域偏蓝（或白色）
contourLines=10 # 绘制10条等高线
)
# 保存图像到文件
fig.savefig('tpsa_similarity_map.png', bbox_inches='tight')
# 在Jupyter环境中显示图像（如果需要，可以调用plt.show()）
# plt.show()这种方法通过颜色渐变和等高线，能够更精细地展示不同原子对TPSA的贡献程度，特别适用于需要详细分析极性分布的场景。
注意事项与最佳实践
-
选择合适的方法：
- 如果只需要简单地识别并高亮出极性原子，方法一（原子高亮）更为直接和高效。
- 如果需要更精细地可视化不同原子对TPSA的贡献强度，并希望通过颜色渐变来展现，方法二（相似性图谱）是更好的选择。
- includeSandP参数： 在计算TPSA贡献时，根据您的研究需求，决定是否将硫和磷原子纳入计算。这对于含有这些元素的分子尤为重要。
- 颜色映射（colorMap）： 在使用SimilarityMaps时，选择合适的colorMap至关重要。对于表示贡献值，发散型颜色图（如'bwr', 'RdBu'）通常比顺序型颜色图（如'viridis', 'plasma'）更具表现力。可以参考Matplotlib的颜色图参考文档进行选择。
- 图像输出： 对于Jupyter Notebook环境，IPython.display.Image和matplotlib.pyplot都是常用的图像显示工具。对于生成文件，fig.savefig()提供了灵活的保存选项。
总结
RDKit提供了强大且灵活的工具来可视化分子结构属性。通过避免直接依赖Gasteiger电荷，并转而利用rdMolDescriptors._CalcTPSAContribs来获取准确的TPSA贡献，我们可以实现更专业、更精确的极性表面积可视化。无论是通过简单的原子高亮还是复杂的加权相似性图谱，RDKit都能满足化学家和程序员在分子极性分析方面的需求。理解并熟练运用这些方法，将有助于深入洞察分子的结构-活性关系。
