在SHAP summary_plot中自定义特征显示顺序的教程

花韻仙語

发布时间：2025-09-18 15:10:01

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在shap summary_plot中自定义特征显示顺序的教程

SHAP summary_plot 默认按特征重要性排序。本文将详细介绍如何通过设置 sort=False 参数并结合Pandas DataFrame对特征数据和SHAP值进行手动重排，从而实现自定义特征在SHAP摘要图中的显示顺序，提升图表的可控性和解读灵活性。

1. 理解SHAP summary_plot 及其默认行为

SHAP (SHapley Additive exPlanations) 是一种流行的模型可解释性框架，能够解释单个预测以及模型整体的行为。shap.summary_plot 是其核心可视化工具之一，它能够以多种形式（如条形图、点图）展示每个特征对模型输出的平均影响。默认情况下，summary_plot 会根据特征的平均绝对SHAP值（即特征重要性）从高到低进行排序，将最重要的特征显示在顶部。

然而，在某些场景下，用户可能希望按照特定的业务逻辑、预设顺序或为了与其他图表保持一致性来排列特征，而非单纯依赖模型计算出的重要性。例如，你可能希望将一组相关的特征放在一起，或者按照数据输入的原始顺序进行展示。

2. 自定义特征排序的核心策略

要实现自定义特征顺序，主要依赖于 shap.summary_plot 函数的一个关键参数：sort。

sort=False 参数： 当此参数设置为 False 时，summary_plot 将不再对特征进行自动排序，而是按照你传入的特征数据和SHAP值的列顺序进行绘制。
手动重排数据： 由于 sort=False 只是禁用了自动排序，因此你需要确保传入 summary_plot 的 shap_values 和特征数据（通常是 X 或 features）已经按照你期望的顺序进行了排列。这通常通过重新组织这些数据的列来实现。

3. 实践指南：通过Pandas DataFrame实现特征重排

以下是一个详细的步骤，演示如何使用Pandas DataFrame来方便地重排特征数据和SHAP值，从而控制 summary_plot 的显示顺序。

3.1 准备数据与模型解释器

首先，我们需要一个训练好的模型和相应的SHAP解释器及SHAP值。我们将使用一个简单的卷积神经网络（CNN）示例来生成SHAP值。

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import shap
import pandas as pd # 导入pandas用于数据操作
from tensorflow import keras
from tensorflow.keras import layers

# 示例数据
X = np.array([[(1,2,3,3,1),(3,2,1,3,2),(3,2,2,3,3),(2,2,1,1,2),(2,1,1,1,1)],
              [(4,5,6,4,4),(5,6,4,3,2),(5,5,6,1,3),(3,3,3,2,2),(2,3,3,2,1)],
              [(7,8,9,4,7),(7,7,6,7,8),(5,8,7,8,8),(6,7,6,7,8),(5,7,6,6,6)],
              [(7,8,9,8,6),(6,6,7,8,6),(8,7,8,8,8),(8,6,7,8,7),(8,6,7,8,8)],
              [(4,5,6,5,5),(5,5,5,6,4),(6,5,5,5,6),(4,4,3,3,3),(5,5,4,4,5)],
              [(4,5,6,5,5),(5,5,5,6,4),(6,5,5,5,6),(4,4,3,3,3),(5,5,4,4,5)],
              [(1,2,3,3,1),(3,2,1,3,2),(3,2,2,3,3),(2,2,1,1,2),(2,1,1,1,1)]])
y = np.array([0, 1, 2, 2, 1, 1, 0])

# 构建并训练一个简单的CNN模型
model = keras.Sequential([
    layers.Conv1D(128, kernel_size=3, activation='relu', input_shape=(5,5)),
    layers.MaxPooling1D(pool_size=2),
    layers.LSTM(128, return_sequences=True),
    layers.Flatten(),
    layers.Dense(128, activation='relu'),
    layers.Dense(3, activation='softmax') # 假设有3个类别
])
model.compile(optimizer='adam', loss='sparse_categorical_crossentropy', metrics=['accuracy'])
model.fit(X, y, epochs=10, verbose=0) # verbose=0 减少训练输出

# 解释器和SHAP值计算
explainer = shap.GradientExplainer(model, X)
shap_values = explainer.shap_values(X)

# 原始问题中指定了用于绘图的数据切片
cls = 0 # 针对第一个类别
idx = 0 # 针对X的第一个"时间步"或"特征组"
X_for_plot = X[:, idx, :] # 形状为 (num_samples, num_features)
shap_values_for_plot = shap_values[cls][:, idx, :] # 形状为 (num_samples, num_features)

# 定义原始特征名称
original_feature_names = ["Feature1", "Feature2", "Feature3", "Feature4", "Feature5"]

# 绘制默认排序的摘要图（可选，用于对比）
print("--- 默认排序的SHAP摘要图 ---")
shap.summary_plot(shap_values_for_plot, X_for_plot, plot_type="bar", feature_names=original_feature_names)
plt.title("Default SHAP Summary Plot (Sorted by Importance)")
plt.show()

3.2 定义目标特征顺序

现在，我们来定义一个自定义的特征顺序。这个顺序将决定特征在图表中的排列方式。

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# 定义你期望的特征顺序
# 假设我们想将Feature3放在最前面，然后是Feature5，接着是Feature1，以此类推
custom_feature_order = ["Feature3", "Feature5", "Feature1", "Feature4", "Feature2"]

# 确保自定义顺序中的所有特征名称都存在于原始特征名称中
if not all(f in original_feature_names for f in custom_feature_order):
    raise ValueError("自定义特征顺序中包含不在原始特征列表中的名称！")

3.3 重排特征数据与SHAP值

这是实现自定义排序的核心步骤。我们将 X_for_plot 和 shap_values_for_plot 转换为Pandas DataFrame，利用DataFrame的列操作功能进行重排，然后再转换回NumPy数组以供 shap.summary_plot 使用。

# 将特征数据转换为DataFrame
features_df = pd.DataFrame(X_for_plot, columns=original_feature_names)

# 将SHAP值转换为DataFrame
shap_df = pd.DataFrame(shap_values_for_plot, columns=original_feature_names)

# 根据自定义顺序重排DataFrame的列
features_df_ordered = features_df[custom_feature_order]
shap_df_ordered = shap_df[custom_feature_order]

# 将重排后的DataFrame转换回NumPy数组
X_ordered_for_plot = features_df_ordered.to_numpy()
shap_values_ordered_for_plot = shap_df_ordered.to_numpy()

3.4 绘制自定义顺序的SHAP摘要图

最后，使用重排后的数据和 sort=False 参数来生成图表。

# 绘制自定义排序的摘要图
print("\n--- 自定义排序的SHAP摘要图 ---")
shap.summary_plot(
    shap_values_ordered_for_plot,
    X_ordered_for_plot,
    plot_type="bar",
    feature_names=custom_feature_order, # 注意这里传入的是自定义顺序的特征名称
    sort=False # 禁用自动排序
)
plt.title("Custom Ordered SHAP Summary Plot")
plt.show()

4. 完整示例代码

将上述所有步骤整合到一个可运行的脚本中：

import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import shap
import pandas as pd
from tensorflow import keras
from tensorflow.keras import layers

# 示例数据
X = np.array([[(1,2,3,3,1),(3,2,1,3,2),(3,2,2,3,3),(2,2,1,1,2),(2,1,1,1,1)],
              [(4,5,6,4,4),(5,6,4,3,2),(5,5,6,1,3),(3,3,3,2,2),(2,3,3,2,1)],
              [(7,8,9,4,7),(7,7,6,7,8),(5,8,7,8,8),(6,7,6,7,8),(5,7,6,6,6)],
              [(7,8,9,8,6),(6,6,7,8,6),(8,7,8,8,8),(8,6,7,8,7),(8,6,7,8,8)],
              [(4,5,6,5,5),(5,5,5,6,4),(6,5,5,5,6),(4,4,3,3,3),(5,5,4,4,5)],
              [(4,5,6,5,5),(5,5,5,6,4),(6,5,5,5,6),(4,4,3,3,3),(5,5,4,4,5)],
              [(1,2,3,3,1),(3,2,1,3,2),(3,2,2,3,3),(2,2,1,1,2),(2,1,1,1,1)]])
y = np.array([0, 1, 2, 2, 1, 1, 0])

# 构建并训练一个简单的CNN模型
model = keras.Sequential([
    layers.Conv1D(128, kernel_size=3, activation='relu', input_shape=(5,5)),
    layers.MaxPooling1D(pool_size=2),
    layers.LSTM(128, return_sequences=True),
    layers.Flatten(),
    layers.Dense(128, activation='relu'),
    layers.Dense(3, activation='softmax')
])
model.compile(optimizer='adam', loss='sparse_categorical_crossentropy', metrics=['accuracy'])
model.fit(X, y, epochs=10, verbose=0)

# 解释器和SHAP值计算
explainer = shap.GradientExplainer(model, X)
shap_values = explainer.shap_values(X)

# 原始问题中指定了用于绘图的数据切片
cls = 0
idx = 0
X_for_plot = X[:, idx, :]
shap_values_for_plot = shap_values[cls][:, idx, :]

# 定义原始特征名称
original_feature_names = ["Feature1", "Feature2", "Feature3", "Feature4", "Feature5"]

# --- 默认排序的SHAP摘要图（用于对比）---
print("--- 默认排序的SHAP摘要图 ---")
shap.summary_plot(shap_values_for_plot, X_for_plot, plot_type="bar", feature_names=original_feature_names)
plt.title("Default SHAP Summary Plot (Sorted by Importance)")
plt.show()

# --- 自定义特征排序 ---

# 1. 定义你期望的特征顺序
custom_feature_order = ["Feature3", "Feature5", "Feature1", "Feature4", "Feature2"]

# 确保自定义顺序中的所有特征名称都存在于原始特征名称中
if not all(f in original_feature_names for f in custom_feature_order):
    raise ValueError("自定义特征顺序中包含不在原始特征列表中的名称！")

# 2. 将特征数据和SHAP值转换为DataFrame
features_df = pd.DataFrame(X_for_plot, columns=original_feature_names)
shap_df = pd.DataFrame(shap_values_for_plot, columns=original_feature_names)

# 3. 根据自定义顺序重排DataFrame的列
features_df_ordered = features_df[custom_feature_order]
shap_df_ordered = shap_df[custom_feature_order]

# 4. 将重排后的DataFrame转换回NumPy数组
X_ordered_for_plot = features_df_ordered.to_numpy()
shap_values_ordered_for_plot = shap_df_ordered.to_numpy()

# 5. 绘制自定义排序的摘要图
print("\n--- 自定义排序的SHAP摘要图 ---")
shap.summary_plot(
    shap_values_ordered_for_plot,
    X_ordered_for_plot,
    plot_type="bar",
    feature_names=custom_feature_order, # 传入自定义顺序的特征名称
    sort=False # 禁用自动排序
)
plt.title("Custom Ordered SHAP Summary Plot")
plt.show()

5. 注意事项

feature_names 参数： 确保在调用 shap.summary_plot 时，feature_names 参数传入的列表与你重排后的数据列顺序严格一致。这是图表正确显示特征名称的关键。
数据维度匹配： 传入 shap.summary_plot 的 shap_values 和特征数据 (X) 必须具有相同的样本数和特征数。在进行重排操作时，务必保持这种对应关系。
Pandas的便利性： 使用Pandas DataFrame进行列重排非常方便直观。如果你的数据已经是DataFrame格式，则可以省去 to_numpy() 的转换步骤（尽管 shap.summary_plot 也能接受DataFrame作为输入）。
plot_type 的选择： summary_plot 支持多种 plot_type，如 "bar" (条形图) 和 "dot" (点图)。自定义排序的方法适用于所有这些类型。

6. 总结

通过灵活运用 shap.summary_plot 的 sort=False 参数，并结合Pandas DataFrame强大的数据操作能力，我们可以轻松地实现SHAP摘要图中特征的自定义排序。这不仅提高了图表的可控性，也使得我们能够根据特定的分析需求或业务背景，更有效地解读模型解释结果，从而增强模型的可解释性和沟通效率。

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