增值税专用发票丢失需按联次不同采取对应补救措施：仅丢发票联可用抵扣联入账；仅丢抵扣联可持发票联认证抵扣；两联均丢已认证的，需销售方提供记账联复印件及《已报税证明单》；未认证的须先认证再提交材料；空白发票丢失须当日报告并挂失。
如果您在日常财务处理中发现增值税发票丢失，可能影响进项税额抵扣、记账或退税流程。根据现行税务规定，不同联次丢失情形对应不同的合规补救路径。以下是针对增值税专用发票丢失的多种抵扣与处理方法：
一、仅丢失发票联
发票联是购买方用于记账的原始凭证。当该联丢失而抵扣联完好时，可直接利用抵扣联完成记账及后续管理，无需额外申请证明文件。
1、将专用发票抵扣联作为记账凭证，入账使用。
2、留存专用发票抵扣联复印件，注明“与原件核对无误”并加盖本单位公章，以备税务检查。
3、在会计凭证摘要栏中注明“原发票联丢失，以抵扣联入账”。
二、仅丢失抵扣联
抵扣联是购买方申报抵扣增值税进项税额的关键凭证。若仅此联丢失，发票联仍可支撑认证与抵扣功能，但需履行认证程序。
1、持专用发票发票联原件前往主管税务机关办税服务厅或通过电子税务局进行认证。
2、认证相符后，将专用发票发票联作为增值税进项税额的抵扣凭证使用。
3、留存专用发票发票联复印件，标注用途并加盖公章存档。
三、发票联与抵扣联同时丢失且丢失前已认证相符
该情形下，因认证结果已存在于税务系统，核心在于取得具有法律效力的替代性凭证材料，确保抵扣链条完整。
1、联系销售方，索取加盖其发票专用章的专用发票记账联复印件。
2、向销售方所在地主管税务机关申请开具《丢失增值税专用发票已报税证明单》。
3、将上述两项材料提交至购买方主管税务机关审核同意，审核通过后即可作为进项税额抵扣凭证。
四、发票联与抵扣联同时丢失且丢失前未认证
由于尚未完成认证，必须先完成法定认证环节，再凭有效材料办理抵扣。此时记账联复印件须经认证程序确认其真实性与有效性。
1、取得销售方提供的加盖发票专用章的专用发票记账联复印件。
2、持该复印件到购买方主管税务机关进行认证（需在自开票之日起360日内完成）。
3、认证相符后，凭该复印件及销售方出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意，作为进项税额抵扣凭证。
五、丢失空白增值税专用发票
空白发票丢失属于严重涉税事项，存在被冒用风险，必须立即启动法定报告与处置程序，防止产生违法后果。
1、于发现丢失当日书面报告主管税务机关，提交《发票挂失损毁报告表》。
2、携带税控设备（如金税盘、税控盘或税务UKey）到主管税务机关办理挂失手续。
3、根据税务机关要求，完成空白发票作废或退回处理，并在系统中同步操作电子发票退回或标记损毁。
